Neben sozialen und technischen Aspekten liegt ein weiterer Fokus des Studiums auf den naturwissenschaftlichen Aspekten. Neben den Grundlagen der Mathematik, Physik und Chemie gehören Fächer wie z.B. Limnologie, Ökologie, Bodenkunde, Hydrogeologie, Physische Geographie sowie aquatische Ökotoxikologie zum Studienalltag. Die Studierenden lernen u.a. die Lebensgemeinschaften und -räume im Gewässer kennen und können anhand von Indikatororganismen Rückschlüsse auf die Gewässergüte ziehen. Sie sind auch in der Lage negative Folgen menschlicher Eingriffe in aquatische Ökosysteme zu erkennen, diese zu beschreiben und mögliche Maßnahmen zur Vermeidung oder Abmilderung dieser Auswirkungen umzusetzen. Kenntnisse über den Wasserkreislauf, die Niederschläge und Verdunstung sind wichtige Grundkenntnisse, die schon früh im Studium erlernt werden.