Die Fundamentaltheologie beschäftigt sich, wie es im Namen bereits anklingt, mit den Fundamenten des Glaubens, die sie in Auseinandersetzung mit Anfragen und Anregungen aus anderen Disziplinen rational zu verantworten versucht. Dabei geht es z.B. um die Denkmöglichkeit der Existenz Gottes in Auseinandersetzung mit der Religionskritik, die Frage nach der existentiellen Bedeutung der Religion für den Menschen in einem Zeitalter zunehmender Säkularisierung oder das Verhältnis von Glaube und Vernunft im Dialog mit den Anfragen des Atheismus. Zentrales Merkmal der Fundamentaltheologie ist ihre interdisziplinäre Ausrichtung: Wichtige Gesprächspartner sind neben den anderen theologischen Disziplinen vor allem die Philosophie, die Sozial- und Kulturwissenschaften (Soziologie, Politikwissenschaften, Literaturwissenschaften etc.) und die Naturwissenschaften.